On peut dire effectivement que chez les Métazoaires, il y a d'abord eu des animaux sans mâchoires, puis ensuite sont apparus les animaux avec mâchoires.
Cependant, le terme d'Agnathes a été attribué à un ensemble d'animaux qui n'ont pas de lien entre eux, il ne peut pas être conservé dans une classification phylogénétique.
Au contraire des Gnathostomes, qui eux constituent bien un groupe monophylétique.
C'est le même principe que pour les dinosaures non aviens et les oiseaux...
Enfin, abandonne également le terme de poissons, ça n'a aucune signification en classification aujourd'hui, ça désigne un groupe paraphylétique.
Il faut vraiment que tu reprennes les bases de la phylogénie si tu ne comprends pas, tu ne peux pas raisonner correctement si tu n'as pas compris ces concepts de base.
Je te conseille vivement de lire l'introduction de la classification phylogénétique du vivant, de Lecointre et Le Guyader, ainsi que le Guide critique de l'évolution.