Phylogénie et évolution
Voilà, tout est dans le titre... J'aimerais discuter un peu de phylogénie et d'évolution :
- Qu'est-ce que c'est pour vous ?
- Quels rapports ?
- Quelles différences ?
- Les différents outils ? (réalisation de dendrogrammes, phénétique, cladistique...)
- Quelle(s) limite(s) entre classification phylogenétique et évolution ?
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Posté par Amaltheus80
Posté par Pyroraptor
Je te conseils de lire les essais reuni de Stephen J.Gould et tu auras mon points de vue sur la question, je suis en train de lire la foire aux dinosaures en ce moment meme.
Posté par Naldo
Ce sont deux disciplines parallèles.
La phylogénie est l'étude des relations de parentés entre les organismes, durant leur évolution.
Elle est à cheval entre l'évolution et la systématique (la classification).
Pour établir une phylogénie, il y a plusieurs méthode. La plus utilisée est la méthode cladistique qui se base sur les caractères ancestraux et dérivés. Elle est à la base des classifications phylogénétiques (groupe naturel --> partage d'un caractère dérivé).
Après, il y a des méthodes phénétiques (basées sur la ressemblance globale et on compare les algorithmes) et statistiques (mais ça se base surtout sur les gènes et c'est un peu fumeux)
La phylogénie est l'étude des relations de parentés entre les organismes, durant leur évolution.
Elle est à cheval entre l'évolution et la systématique (la classification).
Pour établir une phylogénie, il y a plusieurs méthode. La plus utilisée est la méthode cladistique qui se base sur les caractères ancestraux et dérivés. Elle est à la base des classifications phylogénétiques (groupe naturel --> partage d'un caractère dérivé).
Après, il y a des méthodes phénétiques (basées sur la ressemblance globale et on compare les algorithmes) et statistiques (mais ça se base surtout sur les gènes et c'est un peu fumeux)
Posté par Para
Je ne vois pas ce qu'il y a de fumeux la dedans.
Posté par Naldo
Ben en fait c'est un de mes profs qui m'avait sorti ça (ranc½ur professionnelle ?). 
Depuis je suis tombé sur des articles qui se basaient sur cette méthode donc c'est vrai que c'est quand même utilisé...
Mais le plus utilisé (et reconnu) reste la cladistique, je me trompe ?
Depuis je suis tombé sur des articles qui se basaient sur cette méthode donc c'est vrai que c'est quand même utilisé...
Mais le plus utilisé (et reconnu) reste la cladistique, je me trompe ?
Posté par Para
Les deux méthodes ne sont pas utilisées pour les mêmes choses. La cladistique pour des caractéres anatomiques et la phénétique pour les molécules. Pour ces dernières on ne peut pas parler de caractére dérivé ou ancestral. On compare des séquences de bases azotées ou d'acides aminés. Dire que cette méthode est fumeuse c'est mettre à la poubelle toutes les comparaisons de séquences moléculaires sur lesquelles sont basées la plupart des phylogénies. Je doute de la compétence professionnelle de ton prof.
Posté par Naldo
Attention je parlais pas de la phénétique ici mais bien des méthodes probabilistes, avec les algorithmes de probabilité et les dendrogrammes. Bien sûr que la phénétique est utile.
Mais on peut bien parler de caractères dérivés et ancestraux pour des séquences dans certains cas, non ?
Mais on peut bien parler de caractères dérivés et ancestraux pour des séquences dans certains cas, non ?
Posté par ChevalierDimitri
Mouais, pour le sméthodes proba et phénétiques, c'est une méthode qui te différencie pas trop les homoplasies. Disons qu'elle va te montrer les ressemblances, même si cela est fortuit ou dû à des réversions, sans forcèment te donner une idée d'évolution. Ce n'est pas pour rien si elle est surtout utilisé pour de l'actuel, et très très rarement pour du fossile (et encore il y a eu des trucs de publié mais monstrueux de bêtise, voir de retour en arrière).
Ah et un truc qui me chiffone, on ne peut pas dire que c'est entre l'évolution et la systématique, car la systémitique ets une discipline scientifique, alors que l'évolution est une théorie, un cadre de travaile, de pensée, un postulat, enfin c pas vraiment comparable (tiens faudrait que je regarde s'il y a une section à propos du créationnisme ici ? lol).
Voilà, j'espère pas me la jouer pompeux et compris de personne, sinon je vous la refais. MDR
Ah et un truc qui me chiffone, on ne peut pas dire que c'est entre l'évolution et la systématique, car la systémitique ets une discipline scientifique, alors que l'évolution est une théorie, un cadre de travaile, de pensée, un postulat, enfin c pas vraiment comparable (tiens faudrait que je regarde s'il y a une section à propos du créationnisme ici ? lol).
Voilà, j'espère pas me la jouer pompeux et compris de personne, sinon je vous la refais. MDR
Posté par Tikémi
L'évolution est une théorie scientifique, pas un simple postulat. L'évolution a bien plus de réalité que la systématique. (ou alors j'ai mal saisi le sens de ta phrase ?)
Pour le créationnisme, c'est dans Théories en discussion si tu veux de la lecture à ce sujet.
Posté par ChevalierDimitri
Ok pas un simple postulat. Mais j'ai entendu et lu, de spécialistes comme de Ricqlès et consorts que l'évolution est plus qu'une théorie. Par contre, tu ne peux pas dire qu'elle est une réalité, car la réalité c'est quoi ? Personne ne peut voir l'Evolution de ses yeux, car elle joue sur plusieurs générations, sur des temps longs. Et elle est a différenciée de lamicro-évolution.
Par contre, encore à mon gôut, vouloir comparer systématique et évolution est dangereux. La systématique, en plongeant même dans ses origines, ne nécessite pas d'évolution. C'est une discipline scientifique, elle n'a pas à être plus réelle ou mieux qu'une autre (ou alors il faudra que tu m'expliques comment on peut être être plus réel que). Je dirai même que pour moi, et comme c'est utilisé actuellement, la Systématique est un outil, comme la tomographie, ou pour comparer, la radioastronomie est un outile à l'astronomie (je me demande si mon exemple est bon lol). Ou alors c'est moi qui n'ait rien compris, ou alors je suis mal compris (bon c'est plutôt inhabituel chez moi mdrrr).
Sinon merci, je regarderai la section créationnisme, car c'est un sujet qui touche le débat ici, car il nous oblige à vraiment nous pencher sur les notions exactes.
Par contre, encore à mon gôut, vouloir comparer systématique et évolution est dangereux. La systématique, en plongeant même dans ses origines, ne nécessite pas d'évolution. C'est une discipline scientifique, elle n'a pas à être plus réelle ou mieux qu'une autre (ou alors il faudra que tu m'expliques comment on peut être être plus réel que). Je dirai même que pour moi, et comme c'est utilisé actuellement, la Systématique est un outil, comme la tomographie, ou pour comparer, la radioastronomie est un outile à l'astronomie (je me demande si mon exemple est bon lol). Ou alors c'est moi qui n'ait rien compris, ou alors je suis mal compris (bon c'est plutôt inhabituel chez moi mdrrr).
Sinon merci, je regarderai la section créationnisme, car c'est un sujet qui touche le débat ici, car il nous oblige à vraiment nous pencher sur les notions exactes.
Posté par Olivier72
Comme indiqué par Tikémi, l'évolution est une théorie scientifique établie (faut-il encore le préciser, S.G. Gould en sortirai de sa tombe), élaborée à partir de faits réels (à lire ou à relire, entre autres, tout le cheminement de Darwin à partir de ces nombreuses, et c'est un euphémisme, observations dans les carnets de voyage du Beagle ou l'origine des espéces ...) notamment nos chers fossiles ET observable à partir de l'étude méthodique de ces derniers.
Mon point de vue est probablement réducteur mais il me semble que la systématique s'attache à classifier et ordonner les taxons entre eux selon des critères, qui dans le temps, ont été évolutifs ou non ... L'évolution tente d'expliquer l'apparition et l'existence de ces taxons ... pas les mettre dans des boites, non ?
Mon point de vue est probablement réducteur mais il me semble que la systématique s'attache à classifier et ordonner les taxons entre eux selon des critères, qui dans le temps, ont été évolutifs ou non ... L'évolution tente d'expliquer l'apparition et l'existence de ces taxons ... pas les mettre dans des boites, non ?
Posté par Tikémi
Faut voir ce que de Ricqlès voulait dire à ce moment-là : c'est complètement sorti de son contexte. A priori, je dirais qu'il a voulu insister sur le fait que l'évolution est bien plus qu'une simple hypothèse non vérifiée, c'est une véritable théorie scientifique comme Olivier et moi l'avons dit. De plus tu ne fournis pas le contexte dans lequel ça a été dit, ni même les mots exacts peut-être. C'est à prendre en compte pour comprendre ses intentions il me semble.
La théorie de l'évolution est-elle "réelle" ? Quelle question bizarre ! Se pose-t-on la même question à propos de la théorie de la gravité ? Ou de l'électromagnétisme ?
Misère, l'évolution est suffisamment étayée de très nombreuses observations et expériences pour qu'elle ne soit plus à mettre en doute aujourd'hui. Ce qui ne signifie pas qu'elle soit immuable; j'entends par là qu'on peut toujours chercher à affiner notre vision des mécanismes et des exemples connus. ça ne remet pas en cause sa légitimité.
Et détrompe-toi à propos de la durée mise en oeuvre : l'évolution peut être bien plus rapide que cela. On a observé l'évolution de divers êtres vivants, depuis des dizaines d'années (ça fait de nombreuses générations pour toute une série d'organismes). Tiens un exemple qui est paru dernièrement http://www.hominides.com/html/theories/preuve-evolution-lezard.php
La systématique est un outil au service de la compréhension de l'évolution et des liens de parenté entre les êtres vivants. C'est un outil humain pour comprendre une réalité de notre univers; un outil avec ses erreurs, ses corrections à apporter, pas une vérité établie.
Tu voudrais faire de la systématique autre qu'en fonction de l'évolution toi ?
Posté par Gigy
L'évolution n'est plus une simple théorie, mais un fait scientifque puisqu'elle est vérifiée par des milliards d'exemples. Par ailleurs on voit les effets de l'évolution tous les jours sur les êtres qui mutent à une vitesse effrénée comme les multiples mutations des virus et des bactéries.
Ce qui est encore à l'état de théorie ce sont les multiples rouages qui font bouger la mécanique. L'évolution elle n'est plus à vérifier c'est un concensus et un fait.
Ce qui est encore à l'état de théorie ce sont les multiples rouages qui font bouger la mécanique. L'évolution elle n'est plus à vérifier c'est un concensus et un fait.
Posté par Naldo
Pourquoi "plus une simple théorie" ?
Une théorie est un fait scientifique établi, appuyé par un faisceau d'observations (cf. la théorie de gravitation, de la relativité).
Toujours cette confusion avec "hypothèse" !
Sinon, je plussoie Tikémi et son histoire de lézards (c'est toujours l'exemple que je donne aux "scientifiques" qui disent que l'évolution ne s'observe pas).
Une théorie est un fait scientifique établi, appuyé par un faisceau d'observations (cf. la théorie de gravitation, de la relativité).
Toujours cette confusion avec "hypothèse" !
Sinon, je plussoie Tikémi et son histoire de lézards (c'est toujours l'exemple que je donne aux "scientifiques" qui disent que l'évolution ne s'observe pas).
Posté par Pyroraptor
D'accords avec tout le monde sur les points principaux et encore plus d'accords avec Dimitrichevalier, en effet la systématique n'est qu'un outils pour comprendre l'évolution, je pense que vous avez tous le meme avis, mais vous vous etes mal compris je crois.
Pas d'accords avec Dimitrichevalier sur le fait que l'évolution ne soit pas réelle, elle est bien réelle meme si elle s'échelonne sur plusieurs million d'années parfois.
L'évolution n'est plus à prouvé, elle reste simplement à etre mieux comprises, l'appartitions des mutations reste encore mal compris mais on connais les effets de ses dernieres.
On peut noter le fait qu'il puisse y avoir plusieurs niveau d'évolution, évolution du a l'environement exterieur mais aussi a l'intérieur d'un organisme, peut etre une certaines hierarchisation de l'évolution affaire à suivre mais des japonnais ont recements publié des articles sur cette hierarchisation c'est trés interessant.
En ce qui concerne les faits prouvant l'éxistance de l'évolution, je crois qu'il y a assez de bouquin et autre qui le montre je pense notamment aux nombreux essaies de S. J. Gould ainsi que le carnets du beagle par exemple mais j'en oublies beaucoup, Kimmura, Elredge etc...
Pa contre pour la systématique simplement un outils qui reste a etre àméliorer, car ce principe nous montre les changements ais ne les interpretes pas, se sont nous qui les interprettons donc possible de mauvaise interprétations.
Pas d'accords avec Dimitrichevalier sur le fait que l'évolution ne soit pas réelle, elle est bien réelle meme si elle s'échelonne sur plusieurs million d'années parfois.
L'évolution n'est plus à prouvé, elle reste simplement à etre mieux comprises, l'appartitions des mutations reste encore mal compris mais on connais les effets de ses dernieres.
On peut noter le fait qu'il puisse y avoir plusieurs niveau d'évolution, évolution du a l'environement exterieur mais aussi a l'intérieur d'un organisme, peut etre une certaines hierarchisation de l'évolution affaire à suivre mais des japonnais ont recements publié des articles sur cette hierarchisation c'est trés interessant.
En ce qui concerne les faits prouvant l'éxistance de l'évolution, je crois qu'il y a assez de bouquin et autre qui le montre je pense notamment aux nombreux essaies de S. J. Gould ainsi que le carnets du beagle par exemple mais j'en oublies beaucoup, Kimmura, Elredge etc...
Pa contre pour la systématique simplement un outils qui reste a etre àméliorer, car ce principe nous montre les changements ais ne les interpretes pas, se sont nous qui les interprettons donc possible de mauvaise interprétations.
Posté par Gigy
Désolé mais monsieur le professeur Cordy de Liège m'a enseigné qu'une théorie demande à être vérifiée, alors que quand elle devient un fait, elle l'est et ne nécessite donc plus de l'être.
Posté par Naldo
C'est vrai que je me suis emporté : "théorie" n'est pas identique à "fait".
Mais c'est bien plus qu'"hypothèse" !
Cf. la définition du Larousse :
"ensemble de théorèmes et de lois systématiquement organisées, soumis à une vérification expérimentale, et qui vise à établir la vérité d'un système scientifique".
Le problème, c'est qu'en sciences, il n'y a pas de réelle "vérité", mais des faits observés, qui constituent donc la base des théories.
Mais c'est bien plus qu'"hypothèse" !
Cf. la définition du Larousse :
"ensemble de théorèmes et de lois systématiquement organisées, soumis à une vérification expérimentale, et qui vise à établir la vérité d'un système scientifique".
Le problème, c'est qu'en sciences, il n'y a pas de réelle "vérité", mais des faits observés, qui constituent donc la base des théories.
Posté par ChevalierDimitri
Finalement, je suis mieux compris quand ce n'est pas moi qui parle lol. Vous avez dit exactement ce que je voulais signifier, bravo ! Au moins je ne passerai pas pour un vil créationniste négationniste lol.
So j'aime bien provoquer un peu pour relever le débat, ce qui a été le cas ici.
Mais du coup j'y pense, mais pour vous, c'est quoi votre définition de
-évolution
-systématique
-taxinomie
???
Et en passant, je dirai, si on veut comparer, la théorie de la gravitation est bien débattue par les grands physiciens, car justement, son origine, son explication, est la moins bien comprise de toute la physique, bien qu'étant un de ses piliers !
Il ne faut pas non plus avoir les yeux de la foi et simplifier à outrance. Combien de fois entend-on des réflexions (l'évolution a poussé à .... grâce à l'évolution....etc.) qui limite donne une impression que l'Evolution représente la Nature qui elle-même représente une sorte de divinité. Bon là il faut arrêter car c'est un complètement un autre sujet qui n'a pas sa place ici, mais ailleurs (je ferai un fil de discussion, ou vous !).
So j'aime bien provoquer un peu pour relever le débat, ce qui a été le cas ici.
Mais du coup j'y pense, mais pour vous, c'est quoi votre définition de
-évolution
-systématique
-taxinomie
???
Et en passant, je dirai, si on veut comparer, la théorie de la gravitation est bien débattue par les grands physiciens, car justement, son origine, son explication, est la moins bien comprise de toute la physique, bien qu'étant un de ses piliers !
Il ne faut pas non plus avoir les yeux de la foi et simplifier à outrance. Combien de fois entend-on des réflexions (l'évolution a poussé à .... grâce à l'évolution....etc.) qui limite donne une impression que l'Evolution représente la Nature qui elle-même représente une sorte de divinité. Bon là il faut arrêter car c'est un complètement un autre sujet qui n'a pas sa place ici, mais ailleurs (je ferai un fil de discussion, ou vous !).
Posté par Tikémi
J'avoue que je n'ai pas envie de jouer les dictionnaires ce soir, donc je skippe la première partie. Une autre fois peut-être 
Moi ce que j'aime chez les physiciens, c'est que quand ils ne comprennent pas quelque chose, ils inventent !
(de nouvelles particules en l'occurrence, les gravitons). Pourtant personne ne va contester que quand on lâche une pomme ou tout autre objet, il tombe jusqu'à ce qu'il heurte quelque chose.
Donc même si on ne comprend pas "comment ça marche exactement (dans les moindres détails)", on ne remet pas en cause le fait que la gravité existe. D'ailleurs des tas de trucs n'existeraient pas sans elle, et on n'enverrait pas des satellites en orbite.
NB : certains créationnistes s'en prennent aux lois de la thermodynamique, mais je n'en ai pas encore vu s'attaquer à la gravité ou à la médecine. Probablement parce qu'on peut facilement s'attaquer à quelque chose que le commun des mortels comprend mal ou dont il ne voit pas directement l'utilité
C'est vrai que dans un soucis de pédagogie, on veut simplifier et parfois on s'exprime en utilisant une mauvaise expression. ça c'est déjà arrivé à beaucoup de gens (moi avec lol), ça n'excuse pas, mais il faut le corriger.
Moi ce que j'aime chez les physiciens, c'est que quand ils ne comprennent pas quelque chose, ils inventent !
(de nouvelles particules en l'occurrence, les gravitons). Pourtant personne ne va contester que quand on lâche une pomme ou tout autre objet, il tombe jusqu'à ce qu'il heurte quelque chose.Donc même si on ne comprend pas "comment ça marche exactement (dans les moindres détails)", on ne remet pas en cause le fait que la gravité existe. D'ailleurs des tas de trucs n'existeraient pas sans elle, et on n'enverrait pas des satellites en orbite.
NB : certains créationnistes s'en prennent aux lois de la thermodynamique, mais je n'en ai pas encore vu s'attaquer à la gravité ou à la médecine. Probablement parce qu'on peut facilement s'attaquer à quelque chose que le commun des mortels comprend mal ou dont il ne voit pas directement l'utilité
C'est vrai que dans un soucis de pédagogie, on veut simplifier et parfois on s'exprime en utilisant une mauvaise expression. ça c'est déjà arrivé à beaucoup de gens (moi avec lol), ça n'excuse pas, mais il faut le corriger.
Posté par Naldo
Soit dit en passant, les créationnistes qui s'attaquent à l'évolution en utilisant la thermodynamique se gourent, parceque la vie n'est précisément pas un système fermé : la seconde loi de la thermodynamique ne s'y applique donc pas (la vie est justement l'un des rares systèmes à entropie négative qui existent).
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