Question pour généticiens
On voit souvent dans les articles donnant une date de divergence entre deux espèces, sur des bases génétiques, que l'étalonnage de l'estimation a été fait en considérant une divergence homme singe il y a 7 Ma.
Cela veut-il dire que si cette divergence est plus ancienne ou plus récente, l'estimation sur laquelle elle était fondée va être décalée dans les mêmes proportions ?
D'après ma compréhension (je ne suis pas généticien ! ) quand on compare les génomes de 2 espèces, on mesure une sorte de distance génétique entre ces 2 génomes en évaluant le nombre de différences entre eux et on estime un nombre de mutations génétiques ayant conduit de leur ancêtre commun à chacune de ces 2 espèces. Ensuite, en estimant la durée moyenne d'une mutation on peut calculer la date de divergence.
Mais comment estime-t-on cette durée moyenne ?
Phiphi
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Posté par Phiphi
Posté par Tikémi
Ah moi je pensais que c'était 10 Ma. M'enfin soit.
J'ai pas compris le 2ème paragraphe...
Il me semble (mais je n'ai pas fait de phylogénies génétiques) qu'on calcule ces âges en prenant certains gènes, dont on PENSE connaître la fréquence à laquelle les mutations se font. ça ne peut pas se faire sur n'importe lequel, puisque certains très sensibles à la survie de l'organisme ne vont guère muter. J'ai l'impression que ça se fait de manière "empirique", en fonction du gène, mais je trouve pas d'infos pour l'instant.
J'ai pas compris le 2ème paragraphe...
Il me semble (mais je n'ai pas fait de phylogénies génétiques) qu'on calcule ces âges en prenant certains gènes, dont on PENSE connaître la fréquence à laquelle les mutations se font. ça ne peut pas se faire sur n'importe lequel, puisque certains très sensibles à la survie de l'organisme ne vont guère muter. J'ai l'impression que ça se fait de manière "empirique", en fonction du gène, mais je trouve pas d'infos pour l'instant.
Posté par Phiphi
Pardon 7 Ma c'était pour la divergence homme-chimpanzé.
La question du 2ème paragraphe vient de la phrase suivante lue dans un article sur l'origine des Neandertals :
MtDNA from more than 15 Neandertals
has been successfully sequenced, sometimes in totality, and
provides estimates for the divergence date between H. sapiens
and H. neanderthalensis mtDNA lineages. The most recent
estimate is at 660 ka +/- 140 ka, based on a divergence time
between 6 and 7 Ma for humans and chimpanzees (23).
La question est si la divergence homme-chimpanze est 12 Ma au lieu de 6 Ma (c'est un exemple pour le raisonnement !) est -ce que les 660 ka deviennent 1,32 Ma ?
La question du 2ème paragraphe vient de la phrase suivante lue dans un article sur l'origine des Neandertals :
MtDNA from more than 15 Neandertals
has been successfully sequenced, sometimes in totality, and
provides estimates for the divergence date between H. sapiens
and H. neanderthalensis mtDNA lineages. The most recent
estimate is at 660 ka +/- 140 ka, based on a divergence time
between 6 and 7 Ma for humans and chimpanzees (23).
La question est si la divergence homme-chimpanze est 12 Ma au lieu de 6 Ma (c'est un exemple pour le raisonnement !) est -ce que les 660 ka deviennent 1,32 Ma ?
Posté par Captbot
Pour l'age de divergeance j'ai vu entre 4 et 8 Ma entre homme et chimpanzé ... Ca dépend vraiment des points d'encrage ... Je ne me souviens plus exactement de la formule, mais ce n'est pas une rège de 3 directe pour obtenir l'age 
Comme points d'encrage on prend souvent l'origine des métazaires, l'origine des oiseaux, l'origine des mammifères ... Après il y a des biais ... Les "oiseaux" sont là au Jurassique. Faut il les prendre comme point d'encrage donnant un age assez ancien ? Est ce que les oiseaux de la fin du Jurassique sont à l'origine des oiseaux modernes ou leur dernier ancêtre en commun date du Crétacé. Les métazoaires apparaissent avant la calcification du squelette, mais combien de temps avant ? Est ce que l'on connait le plus ancien mammifère ? etc. Certaines analyses se mordent la queue ... Pour calculer l'origine des piaffs, ils mettent un points d'encrage sur les oiseaux ...
Juste un point supplémentaire, ce n'est pas le génome de l'individu qui a été séquencé, mais ce lui de l'ADN se situant dans les mitochondries (mtDNA). De plus il existe différents modèle d'évolution de l'ADN qui te donneront des ages légèrement différents.
Comme points d'encrage on prend souvent l'origine des métazaires, l'origine des oiseaux, l'origine des mammifères ... Après il y a des biais ... Les "oiseaux" sont là au Jurassique. Faut il les prendre comme point d'encrage donnant un age assez ancien ? Est ce que les oiseaux de la fin du Jurassique sont à l'origine des oiseaux modernes ou leur dernier ancêtre en commun date du Crétacé. Les métazoaires apparaissent avant la calcification du squelette, mais combien de temps avant ? Est ce que l'on connait le plus ancien mammifère ? etc. Certaines analyses se mordent la queue ... Pour calculer l'origine des piaffs, ils mettent un points d'encrage sur les oiseaux ...Juste un point supplémentaire, ce n'est pas le génome de l'individu qui a été séquencé, mais ce lui de l'ADN se situant dans les mitochondries (mtDNA). De plus il existe différents modèle d'évolution de l'ADN qui te donneront des ages légèrement différents.
Posté par Phiphi
Si je comprends bien ces évaluations sont tout sauf précises et pourtant, beaucoup de chercheurs se basent dessus pour élaborer des théories dont ils oublient de rappeler la faiblesse de leurs fondements quand ils les énoncent !
Phiphi
Phiphi
Posté par Captbot
En général, ils te mettent dans l'article le modèle qu'ils utilisent (ceux dont je me souviens : JC69/Jukes et Cantor 1969, K80/Kimura 1980, F81/Felsenstein 1981, HKY85/Hasegawa, Kishino et Yano 1985, T92/Tamura 1992, TN93/ Tamura et Nei 1993, GTR/Generalised time-reversible), ainsi que les dates retenues pour les points d'encrage. Après il fournissent des données statistiques obtenues à partir des chaines de Markov ou du Bayesien ... Mais arrivé à ce niveau là je m'embrouille pas mal ... Donc normalement tu as toutes les données pour voir si il y a des faiblesses dans l'article ou non. Mais à partir du moment où tu utilises des stats dans un articles, il y a de grandes chances que ca soit criticable (faiblesse de l'échantillon, de l'analyse, du résultat, etc.)
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