Re: [2011] Brèves paléontologiquesPosté par Trex
Il a une tete de carnivore ce sauropodomorphe.
Posté par AgressiveHumanParasa
Ces vrai que les animaux de la famille des prosauropodes on un petit air de théropode mais ça reste léger...
Posté par Leolios
Bah ils sont tres proche
Posté par Trex
La plupart etait surement des omnivores.
Posté par Leolios
Ah ouai ! 
Posté par Lolo
Toujours ! Mêmes leurs dents prêtent à confusion. On se rappellera de Teratosaurus, longtemps considéré comme un Theropode primitif, puis un Prosauropode, puis un Sauropodomorphe, et maintenant comme un non-dinosaurien.
Posté par AgressiveHumanParasa
Je ne trouve pas que teratosaurus a une allure et une tête de dinosaure. Il me fait plus penser au mélange entre un postosuchus et un dimétrodon. Bref, ce machin est un vrai casse-tête
Posté par Leolios
Ouai compliqué
Posté par Trex
A l'epoque du au manque de fossiles, on ne s'avait pas a quoi on avait a faire.
Posté par Croc en stock
Je ne vois pas de ressemblance particulière avec Dimetrodon, la tête est bien différente de même que la position des membres (sans parler que ces bestioles n'ont aucun lien de parenté).
Par contre tu as raison de citer le Rauisuchien Postosuchus qui est un proche parent du Teratosaurus. Le type du Teratosaurus suevicus d'Allemagne n'est représenté que par un maxillaire décrit au 19ème siècle. En 2005 une deuxième espèce plus complète a été trouvé en Pologne est nommée Teratosaurus silesiacus avant d'être reversée en 2009 dans un nouveau genre Polonosuchus dont le crâne est similaire à celui du Postosuchus.
Posté par AgressiveHumanParasa
Moi c'est surtout la posture qui me fait penser à postosuchus. Merci pour l'info croc
Posté par Naldo
Lee MSY, Worthy TH. Likelihood reinstates Archaeopteryx as a primitive bird. Biology Letters. 2011 oct 26 Available from: http://rsbl.royalsocietypublishing.org/content/early/2011/10/18/rsbl.2011.0884.abstract
Vous vous souvenez de l'étude de cet été qui plaçait Archaeopteryx en dehors des oiseaux ?
Une autre équipe a repris la matrice de caractères de ces auteurs, et l'a traitée en maximum de vraisemblance et en bayésien (méthodes qu'on réserve habituellement au moléculaire, car elles impliquent d'utiliser des probabilités de passage d'un état à un autre, etc...). Ils retrouvent Archaeopteryx comme l'oiseau "le plus primitif" (sic).
J'avoue que j'ai un peu de mal avec cette méthode, et en particulier avec l'utilisation de ML et de bayésien sur des caractères morphologiques... Qu'en pensez-vous ?
Vous vous souvenez de l'étude de cet été qui plaçait Archaeopteryx en dehors des oiseaux ?
Une autre équipe a repris la matrice de caractères de ces auteurs, et l'a traitée en maximum de vraisemblance et en bayésien (méthodes qu'on réserve habituellement au moléculaire, car elles impliquent d'utiliser des probabilités de passage d'un état à un autre, etc...). Ils retrouvent Archaeopteryx comme l'oiseau "le plus primitif" (sic).
J'avoue que j'ai un peu de mal avec cette méthode, et en particulier avec l'utilisation de ML et de bayésien sur des caractères morphologiques... Qu'en pensez-vous ?
Posté par Paleofan
Alors là 
Les études mènent à des résultats contradictoires
Les études mènent à des résultats contradictoires
Posté par AgressiveHumanParasa
C'est vrai
Posté par Theropod
J'ai déjà parlé de cet article. Il est sorti il y a plus de 2 semaines.
Sinon je ne suis pas assez versé dans la méthodologie en phylogénie pour juger de cette méthode. Ca a quand même le mérite de tempérer un peu. Xiaotingia lui reste un Deinonychosaure et quand aux Archaeopterygidae il faut soit leur enlever Wellnhoferia soit les considérer comme paraphylétiques.
En tout cas leur phylogénie n'a pas l'air d'introduire trop de changements par rapport aux traditions donc je pense que cette étude est très valable.
Bref, Archaeopteryx reste une "icône" de la paléontologie.
Sinon je ne suis pas assez versé dans la méthodologie en phylogénie pour juger de cette méthode. Ca a quand même le mérite de tempérer un peu. Xiaotingia lui reste un Deinonychosaure et quand aux Archaeopterygidae il faut soit leur enlever Wellnhoferia soit les considérer comme paraphylétiques.
En tout cas leur phylogénie n'a pas l'air d'introduire trop de changements par rapport aux traditions donc je pense que cette étude est très valable.
Bref, Archaeopteryx reste une "icône" de la paléontologie.
Posté par Captbot
Juste une précision, ca ne semble pas être de la phylogénie (étude de l'évolution d'une lignée), mais plutôt de la cladistique (union de taxons en clades).
Posté par Naldo
@capbot : La cladistique est une méthode qui permet de produire une hypothèse de phylogénie, si on veut vraiment être précis.
@Theropod : D'abord désolé je n'avais pas vu que tu avais déjà commenté l'article.
Je trouve cette méthode extrêmement gênante pour 2 raisons que je vais tenter d'expliquer.
D'abord, il faut savoir que si les méthodes probabilistes ne sont utilisées qu'en moléculaire c'est pour une bonne raison. Les caractères moléculaires ne sont pas ambigus (un A est toujours un A), et assez nombreux pour permettre une analyse statistique de leurs occurences, ou des probabilités de passage de l'un à l'autre. Des algorithmes sont spécialement conçus pour optimiser ces probabilités durant l'analyse, pour avoir le modèle le plus "réaliste" possible. Cette approche est déjà critiquée par certains, qui jugent qu'elle apporte des hypothèses supplémentaires ad hoc. Mais elle est massivement utilisée en moléculaire (plus personne ou presque ne fait de parcimonie en moléculaire).
A l'inverse, les caractères morphologiques sont ambigus au niveau de l'homologie primaire (on ne sait pas a priori si deux caractères présents dans deux taxons sont homologues ou non). Il est donc difficile d'envisager une mesure statistique de leurs occurences ou quoi que ce soit d'autre.
Et puis, les méthodes de ML/Bayésien se basent sur des modèles de probabilité. Tu peux m'estimer la probabilité d'apparition d'un caractère morphologique, toi ?
Je trouve que c'est une dérive inquiétante d'employer des méthodes parce que ça fait "mode". Ces gens font clairement du ML "pour faire comme les molécularistes". Autant dire que c'est pas comme ça qu'on produira des résultats sérieux.
Et évidemment, ça passe dans une revue d'assez haut facteur d'impact. Plus c'est gros, plus ça passe.
Alors maintenant passons aux critiques de l'article lui-même.
Ils font du ML, ils font leurs originaux, soit. Mais a-t-on une présentation détaillée de la méthode ? A-t-on une matrice de passage pour les proba ? Rien. La matrice de caractères utilisée est celle de l'article original. Super, ils se sont trop foulés, quoi.
Donner les infos de matériel et méthodes, c'est la base de la reproductibilité. Sans reproductibilité, on ne fait plus de la science. Pourtant, les articles qui donnent leurs matrices de caractères (notamment les alignements en moléculaire) sont de plus en plus rares.
Ensuite, je veux bien, à la limite, envisager qu'une analyse en maximum de vraisemblance soit faite en morpho. Mais dans ce cas, par des gens qui connaissent extrêmement bien le groupe d'étude, et ses caractères (ça vaut d'ailleurs pour toute analyse phylogénétique). Ce n'est pas le cas ici. Je ne connais pas le deuxième auteur, mais le premier s'est illustré par ses travaux sur...les pareiasaures ! Avant de sombrer dans le côté obscur de la Force.
Finalement, tu dis que leur résultat n'est pas si choquant. Certes, mais ils trouvent quand même les tyrannosauroidea paraphylétiques ; et Haplocheirus n'est pas sensé être un Alvarezsauridé ? D'ailleurs, ce n'est pas à son résultat qu'on juge la fiabilité d'une analyse phylogénétique, surtout si ce résultat se rapproche des études précédentes (ce n'est pas compliqué de trouver des caractères qui retrouvent les clades qu'on connaissait déjà), sauf bien sûr s'il s'agit de "placer" un nouveau taxon dans l'analyse.
Autre remarque (mais là ça vaut aussi pour l'article original) : je trouve ça étrange de tester les relations des Avialae + Deinonychosauria en ayant plus de taxons extérieurs à ce groupe dans l'échantillonnage !
Donc pour moi, une étude qui ne vaut rien. Si la même était faite par un(e) spécialiste des Avialae, avec une matrice plus adaptée et en expliquant plus clairement la méthode, je penserai autrement.
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Edité le 18/11/2011 à 00:51 par Naldo
@Theropod : D'abord désolé je n'avais pas vu que tu avais déjà commenté l'article.
Je trouve cette méthode extrêmement gênante pour 2 raisons que je vais tenter d'expliquer.
D'abord, il faut savoir que si les méthodes probabilistes ne sont utilisées qu'en moléculaire c'est pour une bonne raison. Les caractères moléculaires ne sont pas ambigus (un A est toujours un A), et assez nombreux pour permettre une analyse statistique de leurs occurences, ou des probabilités de passage de l'un à l'autre. Des algorithmes sont spécialement conçus pour optimiser ces probabilités durant l'analyse, pour avoir le modèle le plus "réaliste" possible. Cette approche est déjà critiquée par certains, qui jugent qu'elle apporte des hypothèses supplémentaires ad hoc. Mais elle est massivement utilisée en moléculaire (plus personne ou presque ne fait de parcimonie en moléculaire).
A l'inverse, les caractères morphologiques sont ambigus au niveau de l'homologie primaire (on ne sait pas a priori si deux caractères présents dans deux taxons sont homologues ou non). Il est donc difficile d'envisager une mesure statistique de leurs occurences ou quoi que ce soit d'autre.
Et puis, les méthodes de ML/Bayésien se basent sur des modèles de probabilité. Tu peux m'estimer la probabilité d'apparition d'un caractère morphologique, toi ?
Je trouve que c'est une dérive inquiétante d'employer des méthodes parce que ça fait "mode". Ces gens font clairement du ML "pour faire comme les molécularistes". Autant dire que c'est pas comme ça qu'on produira des résultats sérieux.
Et évidemment, ça passe dans une revue d'assez haut facteur d'impact. Plus c'est gros, plus ça passe.
Alors maintenant passons aux critiques de l'article lui-même.
Ils font du ML, ils font leurs originaux, soit. Mais a-t-on une présentation détaillée de la méthode ? A-t-on une matrice de passage pour les proba ? Rien. La matrice de caractères utilisée est celle de l'article original. Super, ils se sont trop foulés, quoi.
Donner les infos de matériel et méthodes, c'est la base de la reproductibilité. Sans reproductibilité, on ne fait plus de la science. Pourtant, les articles qui donnent leurs matrices de caractères (notamment les alignements en moléculaire) sont de plus en plus rares.
Ensuite, je veux bien, à la limite, envisager qu'une analyse en maximum de vraisemblance soit faite en morpho. Mais dans ce cas, par des gens qui connaissent extrêmement bien le groupe d'étude, et ses caractères (ça vaut d'ailleurs pour toute analyse phylogénétique). Ce n'est pas le cas ici. Je ne connais pas le deuxième auteur, mais le premier s'est illustré par ses travaux sur...les pareiasaures ! Avant de sombrer dans le côté obscur de la Force.
Finalement, tu dis que leur résultat n'est pas si choquant. Certes, mais ils trouvent quand même les tyrannosauroidea paraphylétiques ; et Haplocheirus n'est pas sensé être un Alvarezsauridé ? D'ailleurs, ce n'est pas à son résultat qu'on juge la fiabilité d'une analyse phylogénétique, surtout si ce résultat se rapproche des études précédentes (ce n'est pas compliqué de trouver des caractères qui retrouvent les clades qu'on connaissait déjà), sauf bien sûr s'il s'agit de "placer" un nouveau taxon dans l'analyse.
Autre remarque (mais là ça vaut aussi pour l'article original) : je trouve ça étrange de tester les relations des Avialae + Deinonychosauria en ayant plus de taxons extérieurs à ce groupe dans l'échantillonnage !
Donc pour moi, une étude qui ne vaut rien. Si la même était faite par un(e) spécialiste des Avialae, avec une matrice plus adaptée et en expliquant plus clairement la méthode, je penserai autrement.
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Edité le 18/11/2011 à 00:51 par Naldo
Posté par Theropod
T'en fais pas Naldo, j'avais parfaitement compris ta position.
A mon avis ils n'ont pas tellement estimé les probabilités d'apparitions, il les ont plutôt comparées entre elles pour les caractères étudiés. Nuance non négligeable, quoiqu'en effet la méthode n'est pas exempte de toute critique.
On peut penser que pour certains caractères, impliquant par exemple l'alimentation, la probabilité d'observer des convergences est plus élevée que pour d'autres caractères car il suffit d'une écologie commune, et en lisant l'article je me suis dit que c'était précisément la méthodologie employée (faute de précisions dans le matmeth).
J'avais de même recherché leur méthode précise sans rien trouver de concret ce qui j'en conviens est un énorme manque. Cependant je ne soupçonnais pas que c'était aussi vaseux et je reconnais ma méconnaissance de la méthodologie cladistique.
PS: Qu'entends-tu pas "côté obscur de la force"
D'après sa page il a aussi publié des tortues, du Cambrien, du serpent, des généralités sur l'évolution, du plésio, de l'amphibien, de la phylo moléculaire... Bref il est éclectique et loin d'être spécialiste des oiseaux. Mais son collègue a apparemment étudié le moa donc il a probablement quelques bases, même sans être spécialiste d'Archaeopteryx.
On notera également que l'article de Xiaotingia considère parfois comme des synapomorphies ce qui pourrait n'être que des plésiomorphies, d'où d'ailleurs la position très basale d'Archaeopteryx et ce qu'il soit un oiseau ou un Deinonychosauria. Ce papier peut lui aussi faire l'objet de crttiques (ok, pas sur la méthodo employée)
Bref article nébuleux, sans pour autant aller jusqu'à à dire que ça ne vaut pas un semis.
A mon avis ils n'ont pas tellement estimé les probabilités d'apparitions, il les ont plutôt comparées entre elles pour les caractères étudiés. Nuance non négligeable, quoiqu'en effet la méthode n'est pas exempte de toute critique.
On peut penser que pour certains caractères, impliquant par exemple l'alimentation, la probabilité d'observer des convergences est plus élevée que pour d'autres caractères car il suffit d'une écologie commune, et en lisant l'article je me suis dit que c'était précisément la méthodologie employée (faute de précisions dans le matmeth).
J'avais de même recherché leur méthode précise sans rien trouver de concret ce qui j'en conviens est un énorme manque. Cependant je ne soupçonnais pas que c'était aussi vaseux et je reconnais ma méconnaissance de la méthodologie cladistique.
PS: Qu'entends-tu pas "côté obscur de la force"
D'après sa page il a aussi publié des tortues, du Cambrien, du serpent, des généralités sur l'évolution, du plésio, de l'amphibien, de la phylo moléculaire... Bref il est éclectique et loin d'être spécialiste des oiseaux. Mais son collègue a apparemment étudié le moa donc il a probablement quelques bases, même sans être spécialiste d'Archaeopteryx.
On notera également que l'article de Xiaotingia considère parfois comme des synapomorphies ce qui pourrait n'être que des plésiomorphies, d'où d'ailleurs la position très basale d'Archaeopteryx et ce qu'il soit un oiseau ou un Deinonychosauria. Ce papier peut lui aussi faire l'objet de crttiques (ok, pas sur la méthodo employée)
Bref article nébuleux, sans pour autant aller jusqu'à à dire que ça ne vaut pas un semis.
Posté par AgressiveHumanParasa
Oui je m'en souviens
ça n'a aucun rapport avec le sujet
Bon je penses que l'on devrait revenir au sujet principal.
Sur la classification de l'archéoptéryx qui complique vraiment les choses. Avec la théorie qui dit que l'archéoptéryx ne serait pas un oiseau.
C'est vrai qu'il ressemble très fortement à un maniraptorien comme microraptor
ça n'a aucun rapport avec le sujet
Bon je penses que l'on devrait revenir au sujet principal.
Sur la classification de l'archéoptéryx qui complique vraiment les choses. Avec la théorie qui dit que l'archéoptéryx ne serait pas un oiseau.
C'est vrai qu'il ressemble très fortement à un maniraptorien comme microraptor
Posté par Theropod
Archaeopteryx EST un Maniraptorien, comme tous les oiseaux et tous les Deinychosauriens, il a des caractères de dinosaures non aviens et des caractères d'oiseaux.
Pour ces derniers, il possède par un exemple un processus sternal, des omoplates allongées et des avant-bras développés etc...
La diversité des classifications pour Archaeopteryx s'explique justement par cette mosaïque de caractères. D'ailleurs s'il est un oiseau, il est le plus basal d'entre eux. S'il est un Deinonychosaure, il est le plus basal d'entre eux. En effet il possède de nombreux caractères ancestraux aux deux groupes, et moins de caractères dérivés.
D'ailleurs, quand ces guignols de créationnistes essaient de nous faire croire que la morphologie d'Archaeopteryx n'a rien de transitionnel, certains disent que c'est un dinosaure "comme un autre", les autres comme ce clown d'harun yahya (la stupidité de ce type est épique) disent que c'est "un oiseau comme un autre", exactement le même problème que pour les homoniens fossiles, pour savoir si ce sont des Hommes ou des Singes "comme les autres".
Pour ces derniers, il possède par un exemple un processus sternal, des omoplates allongées et des avant-bras développés etc...
La diversité des classifications pour Archaeopteryx s'explique justement par cette mosaïque de caractères. D'ailleurs s'il est un oiseau, il est le plus basal d'entre eux. S'il est un Deinonychosaure, il est le plus basal d'entre eux. En effet il possède de nombreux caractères ancestraux aux deux groupes, et moins de caractères dérivés.
D'ailleurs, quand ces guignols de créationnistes essaient de nous faire croire que la morphologie d'Archaeopteryx n'a rien de transitionnel, certains disent que c'est un dinosaure "comme un autre", les autres comme ce clown d'harun yahya (la stupidité de ce type est épique) disent que c'est "un oiseau comme un autre", exactement le même problème que pour les homoniens fossiles, pour savoir si ce sont des Hommes ou des Singes "comme les autres".
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