En 2000, Allain et Taquet ne reconnaissent pas de caractères distinctifs sur l'holotype de Variraptor. Ils signalent également que l'éssentiel de la diagnose est basée sur la vertèbre cervico-dorsale venant d'une localité différente de l'holotype. En conséquence, ils considèrent Variraptor comme un nomen dubium. En même temps, ils créent le genre Pyroraptor pour des restes (dents, plusieurs os du pied, un ulna, un radius, une vertèbre caudale antérieure et une vertèbre dorsale) provenant d'un autre site des Bouches-du-Rhône (La Boucharde).
En 2009, Chanthasit et Buffetaut décrivent de nouveaux restes de dromaeosauridés (dents, un ulna, un sacrum, un fémur et un ilion) provenant de la localité type de Variraptor, ainsi que des environs de Cruzy dans l'Hérault. Leurs résultats ne confirment ni n'infirment la synonymie de Variraptor avec Pyroraptor.