Reste d'être vivant ou de son activité (terrier, piste, trace, oeuf...). Ces restes sont en général conservés dans une roche à la suite de processus d'enfouissement ou d'infiltration par des fluides minéralisés. Il y a donc eu transformation chimique plus ou moins importante de ces restes.

Les roches qui contiennent des fossiles sont des roches sédimentaires ou des roches peu métamorphisées (ex: schistes).

On emploie aussi le terme de fossile pour désigner des objets enfouis dans le sol à une époque déterminée (par exemple: eau fossile, combustible fossile).