La phylogénie ou phylogénèse (du grec, phulê, tribu et genesisis, origine) est l’étude et l’histoire de la formation et de l’évolutions des êtres vivants. Une phylogénie est représentée un arbre phylogénétique. Un arbre peut représenter un arbre phylogénétique, il y a deux façons :
La phénétique, qui est une méthode de classification fondée sur l’évaluation mathématique de la ressemblances globales des êtres vivants, en prenant compte de la corrélation du degré de ressemblance et de parenté. Dans un arbre phénétique, la longueur des branches évoque la distance génétique entre les taxons.
La cladistique consiste à classifier les organismes selon leur parenté évolutive, fondée par l’étude des caractères dérivés (ou évènements évolutifs, idem). La cladistique a été crée par les biologiste allemand Willi-Hennig dans les année 1950, cet entomologiste affirma que les organismes vivants ne devaient être regroupés que quand ils partageaient des caractères dérivés provenant d’un ascendance commune (caractères homologues). On parle donc d’homologie, et non de convergence évolutive.
La classification phylogénétique remplace les classification classique, l’arbre de Linné (on lui doit quand même beaucoup, car c’est lui qui nous a donnée la notion des familles, genres espèces etc ! ) qui plaçait des groupes ou clades (groupes d’espèce unis par l’existence d’un caractère dérivés, ayant tous un ancêtre commun) en fonction d’un caractère de ressemblance globale.
Le voisinage des branches d’un arbres phylogénétique présente les degrés de parenté entre les taxons, et les « nœuds » représentent les taxons.
La taxinomie consiste à décrire et à regrouper les organismes dans des taxons ( un taxon peut être un famille, un genre, une espèce, une sous-espèce est…) pour pouvoir les nommer, puis les classifier.
La systématique est la classification hiérarchisé des être vivants, pour ce, lorsque on veut classer un fossile, on fait appel à la paléontologie systématique.