La phylogénie ou phylogenèse (du grec, phulê, tribu et genesisis, origine) est l’étude et l’histoire de la formation et de l’évolution des êtres vivants.
Une phylogénie est représentée par un arbre phylogénétique. Pour un arbre phylogénétique, deux techniques sont utilisées:
- La phénétique, qui est une méthode de classification fondée sur l’évaluation mathématique de la ressemblances globales des êtres vivants, en prenant compte de la corrélation du degré de ressemblance et de parenté. Dans un arbre phénétique, la longueur des branches évoque la distance génétique entre les taxons.
- La cladistique consiste à classifier les organismes selon leur parenté évolutive, fondée par l’étude des caractères dérivés (ou événements évolutifs, idem).
La cladistique a été crée par les biologiste allemand Willi-Hennig dans les années 1950. Cet entomologiste affirma que les organismes vivants ne devaient être regroupés que quand ils partageaient des caractères dérivés provenant d’un ascendance commune (caractères homologues). On parle donc d’homologie, et non de convergence évolutive.
La classification phylogénétique remplace les classification classique, l’arbre de Linné (à qui on doit la notion des familles, genres, espèces, etc), qui plaçait des groupes ou clades (groupes d’espèce unis par l’existence de caractères dérivés, ayant tous un ancêtre commun) en fonction d’un caractère de ressemblance globale.
Le voisinage des branches d’un arbre phylogénétique présente les degrés de parenté entre les taxons, et les « nœuds » représentent les taxons.
La taxinomie consiste à décrire et à regrouper les organismes dans des taxons (un taxon peut être une famille, un genre, une espèce, une sous-espèce, etc...) pour pouvoir les nommer, puis les classifier.
La systématique est la classification hiérarchisée des être vivants. Pour ce, lorsque l'on veut classer un fossile, on fait appel à la paléontologie systématique.
Voici l'exemple d'un cladogramme simplifié :
